Управление ГОБООУ ЗСШИ осуществляется на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности, в соответствии с законодательством Российской Федерации с учётом особенностей, установленных Федеральным законом «Об образовании в Российской Федерации». Единоличным исполнительным органом ГОБООУ ЗСШИ является директор. В ГОБООУ ЗСШИ сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся:
- Общее собрание работников,
- Педагогический совет